Paettuaan labyrintista post-apokalyptiselle aavikolle, Thomas ystävineen viedään militarisoituun W.C.K.D. tukikohtaan, jossa heidän luvataan olevan turvassa. Pian Thomas saa kuitenkin selville kavalan salaisuuden heidän niin kutsutuista suojelijoistaan.